집을 팔 때 "10년 넘게 들고 있었으니 세금이 꽤 줄겠지"라고 막연히 기대하는 분이 많습니다. 그런데 막상 장기보유특별공제를 검색하면 연 2%, 연 4%, 최대 30%, 최대 80% 같은 숫자가 뒤섞여 나오고, 그래서 내 집이 몇 %를 받는지, 그만큼 세금이 몇 백만 원 줄어드는지는 좀처럼 손에 잡히지 않습니다.
이 글은 원리 설명보다 숫자를 먼저 보여드립니다. 같은 양도차익을 두고 보유·거주 기간만 바꿔 가며 양도세가 어떻게 달라지는지 모의계산 표로 비교한 뒤, 공제율 표와 계산 순서, 기간 계산에서 자주 틀리는 부분을 차례로 정리했습니다. 수치는 2026년 9월 현재 소득세법 제95조 기준이며, 정부가 8월 발표한 개편안(2028년 이후 양도분 적용 예정)은 6번 섹션에 따로 정리했습니다.
1. 보유 5·10·15년 모의계산: 공제율이 양도세를 얼마나 줄이나
먼저 결과부터 보겠습니다. 아래 두 표는 양도소득 기본공제 250만 원과 2년 이상 보유 시 기본세율(6~45% 누진)을 적용한 산출세액이며, 지방소득세(산출세액의 10%)와 필요경비는 단순화를 위해 뺐습니다.
사례 A. 일반 자산(토지·상가, 중과 없는 주택 등) 양도차익 3억 원
| 보유기간 | 공제율 | 공제액 | 과세표준 | 산출세액 | 공제 없을 때 대비 감소액 |
|---|---|---|---|---|---|
| 3년 미만 | 0% | 0원 | 2억 9,750만 원 | 약 9,311만 원 | — |
| 5년 | 10% | 3,000만 원 | 2억 6,750만 원 | 약 8,171만 원 | 약 1,140만 원 |
| 10년 | 20% | 6,000만 원 | 2억 3,750만 원 | 약 7,031만 원 | 약 2,280만 원 |
| 15년 이상 | 30% | 9,000만 원 | 2억 750만 원 | 약 5,891만 원 | 약 3,420만 원 |
세 경우 모두 과세표준이 38% 구간(1억 5,000만~3억 원)에 머물러 있어서, 공제액 1,000만 원마다 세금이 약 380만 원씩 줄어드는 구조입니다. 즉 일반 자산의 장기보유특별공제 효과는 "공제액 × 내 한계세율"로 빠르게 어림할 수 있습니다.
사례 B. 1세대1주택 고가주택(취득 10억 → 양도 18억, 차익 8억 원)
1세대1주택은 양도가액 12억 원까지 비과세이므로 과세 대상 양도차익은 8억 원 × (18억 − 12억) ÷ 18억 = 약 2억 6,667만 원입니다. 여기에 보유·거주 기간별 공제율을 적용합니다.
| 보유 / 거주 | 공제율 | 공제 후 양도차익 | 과세표준 | 산출세액 |
|---|---|---|---|---|
| 2년 / 2년 | 0% | 약 2억 6,667만 원 | 약 2억 6,417만 원 | 약 8,044만 원 |
| 3년 / 3년 | 24% | 약 2억 267만 원 | 약 2억 17만 원 | 약 5,612만 원 |
| 5년 / 5년 | 40% | 1억 6,000만 원 | 1억 5,750만 원 | 약 3,991만 원 |
| 10년 / 10년 | 80% | 약 5,333만 원 | 약 5,083만 원 | 약 644만 원 |
| 15년 / 15년 | 80% | 약 5,333만 원 | 약 5,083만 원 | 약 644만 원 |
| 10년 / 2년 | 48% | 약 1억 3,867만 원 | 약 1억 3,617만 원 | 약 3,222만 원 |
| 10년 / 거주 2년 미만 | 20%(일반표) | 약 2억 1,333만 원 | 약 2억 1,083만 원 | 약 6,018만 원 |
이 표에서 읽어야 할 포인트는 세 가지입니다.
- 10년 보유·10년 거주면 세금이 8,044만 원에서 644만 원으로 90% 넘게 줄어듭니다. 공제율 80%에 누진세율 구간 하락 효과까지 겹치기 때문입니다.
- 10년을 넘기면 15년, 20년을 보유해도 1세대1주택 공제율은 80%에서 멈춥니다. 일반 자산은 15년까지 오르지만 1주택 표는 10년이 상한입니다.
- 같은 10년 보유라도 거주가 2년 미만이면 일반표(20%)로 떨어져 세금이 6,018만 원이 됩니다. 10년/10년 대비 약 5,370만 원 차이로, 사실상 거주 기간이 세금을 좌우합니다.
2. 장기보유특별공제율 표: 일반 자산과 1세대1주택은 표가 다릅니다
장기보유특별공제는 3년 이상 보유한 토지·건물(주택 포함)과 조합원입주권(관리처분인가 전 보유분)에 적용됩니다. 핵심은 어떤 표를 쓰느냐이며, 표는 두 가지뿐입니다.
| 기간 | 일반 자산 (보유 기준) | 1세대1주택 보유분 | 1세대1주택 거주분 |
|---|---|---|---|
| 2년 이상 3년 미만 | — | — | 8% (보유 3년 이상일 때) |
| 3년 이상 4년 미만 | 6% | 12% | 12% |
| 4년 이상 5년 미만 | 8% | 16% | 16% |
| 5년 이상 6년 미만 | 10% | 20% | 20% |
| 6년 이상 7년 미만 | 12% | 24% | 24% |
| 7년 이상 8년 미만 | 14% | 28% | 28% |
| 8년 이상 9년 미만 | 16% | 32% | 32% |
| 9년 이상 10년 미만 | 18% | 36% | 36% |
| 10년 이상 | 20% → 이후 연 2%p씩 | 40% (상한) | 40% (상한) |
| 15년 이상 | 30% (상한) | 40% | 40% |
- 일반 자산: 3년 차부터 연 2%씩 쌓여 15년에 30%로 상한에 닿습니다. 토지, 상가, 1세대1주택이 아닌 주택(중과 대상 제외)이 여기에 해당합니다.
- 1세대1주택: 보유기간 공제(연 4%, 최대 40%)와 거주기간 공제(연 4%, 최대 40%)를 따로 구해 더합니다. 합계 최대 80%입니다. 다만 보유기간 중 2년 이상 거주해야 이 표를 쓸 수 있고, 거주가 2년 미만이면 일반 자산 표로 내려갑니다.
- 1세대1주택은 12억 원 이하 부분이 비과세라서, 이 표는 실제로 12억 원을 넘는 고가주택의 초과분에만 의미가 있습니다.
3. 장기보유특별공제 계산법: 공제 후 양도차익을 구하는 4단계
사례 B를 그대로 따라가 보겠습니다. 손으로 계산할 때는 이 순서를 지키면 실수가 줄어듭니다.
- 양도차익 산출 — 양도가액 − 취득가액 − 필요경비. 필요경비에는 취득세, 중개보수, 법무사 비용, 확장·새시 같은 자본적 지출이 들어갑니다. 사례 B는 18억 − 10억 = 8억 원입니다.
- 12억 초과분 안분(1세대1주택만) — 양도차익 × (양도가액 − 12억) ÷ 양도가액. 8억 × 6억 ÷ 18억 = 약 2억 6,667만 원입니다.
- 공제율 결정 후 차감 — 보유 10년(40%) + 거주 10년(40%) = 80%. 2억 6,667만 × 80% = 약 2억 1,333만 원을 빼면 공제 후 양도차익은 약 5,333만 원입니다.
- 기본공제·세율 적용 — 5,333만 − 250만 = 약 5,083만 원이 과세표준입니다. 24% 구간이므로 5,083만 × 24% − 누진공제 576만 = 약 644만 원이 됩니다.
여기서 양도세 감소액을 따로 알고 싶다면 공제가 없는 경우(1단계~2단계 금액에 바로 4단계를 적용)와 비교하면 됩니다. 사례 B는 8,044만 − 644만 = 약 7,400만 원이 장기보유특별공제로 줄어든 세금입니다.
4. 보유기간 계산·거주요건: 하루 차이로 공제율이 한 칸 내려갑니다
공제율 표는 만 연수 기준입니다. 9년 11개월은 9년으로 보므로 1세대1주택 보유분이 40%가 아닌 36%가 됩니다. 연수를 셀 때는 아래 기준을 확인하세요.
| 항목 | 기산일 | 종료일 | 자주 틀리는 부분 |
|---|---|---|---|
| 보유기간 | 취득일(잔금일과 등기접수일 중 빠른 날) | 양도일(잔금일과 등기접수일 중 빠른 날) | 계약일로 세면 몇 달이 틀어집니다 |
| 거주기간 | 전입일(주민등록 기준) | 전출일 또는 양도일 | 여러 번 나눠 산 기간은 합산합니다 |
| 상속받은 주택 | 상속개시일 | 양도일 | 피상속인이 보유한 기간은 장특공에 합산되지 않습니다 |
| 배우자 등 증여 후 이월과세 | 증여자의 취득일 | 양도일 | 이월과세가 적용될 때만 해당됩니다 |
잔금일을 한두 달 미루면 공제율이 한 단계 올라가는 경우가 실제로 자주 있습니다. 예를 들어 2016년 11월 20일에 잔금을 치른 집을 2026년 10월에 팔면 보유 9년(36%)이지만, 잔금을 11월 20일 이후로 잡으면 10년(40%)이 됩니다. 사례 B 기준으로 4%p는 약 1,067만 원의 공제액 차이이고 세금으로는 수백만 원이 달라집니다. 매매 일정을 잡기 전에 날짜 계산기로 취득일부터 예정 잔금일까지 만 연수가 몇 년인지 먼저 세어 보시기 바랍니다.
5. 공제가 안 되거나 줄어드는 경우: 상황별 판단 가이드
보유 3년 미만이면 공제 자체가 없습니다
장기보유특별공제는 3년 이상 보유가 출발점입니다. 2년 이상 보유했다면 기본세율은 적용되지만 공제율은 0%입니다. 1세대1주택의 거주분 8%도 보유 3년 이상이 전제입니다.
조정대상지역 다주택 중과 대상이면 배제됩니다
2026년 5월 9일로 다주택 중과 유예가 끝나면서, 조정대상지역 주택을 파는 2주택 이상 보유자는 중과세율과 함께 장기보유특별공제도 배제됩니다. 비조정지역 주택이라면 다주택자여도 일반 자산 표(최대 30%)가 적용됩니다. 중과 여부 판단은 부동산 양도세 계산기 가이드에 정리돼 있습니다.
1세대1주택인데 거주 2년 미만이면 일반표로 내려갑니다
실무에서 가장 차이가 큰 경우입니다. 전세를 끼고 사서 한 번도 살지 않은 1주택을 10년 뒤 12억 원 넘게 팔면 80%가 아니라 20%가 적용됩니다. 매도 전에 2년 거주를 채울 수 있는지 먼저 따져 보는 것이 가장 확실한 절세 수단입니다.
미등기 자산·국외 자산은 대상이 아닙니다
미등기 양도자산은 장기보유특별공제와 기본공제가 모두 배제되고 70%의 세율이 적용됩니다. 해외 부동산도 장기보유특별공제 대상이 아닙니다.
6. 장기보유특별공제 폐지·개정안: 2026 세제개편안에서 바뀌는 것
"장기보유특별공제 폐지"라는 검색이 늘어난 이유는 정부가 2026년 8월 3일 확정한 세제개편안 때문입니다. 아직 국회 통과 전인 정부안이며, 정부안대로 통과된다면 일정은 다음과 같습니다.
| 양도 시기 | 1세대1주택 보유분 | 1세대1주택 거주분 | 공제액 한도 |
|---|---|---|---|
| 2027년 12월 31일까지 | 현행 연 4%, 최대 40% | 현행 연 4%, 최대 40% | 없음 |
| 2028년 양도분 | 연 2%, 최대 20% | 연 6%, 최대 60% | 20억 원 |
| 2029년 이후 | 폐지 | 연 8%, 최대 80% | 10억 원 |
명칭도 주택은 "장기거주 소득공제", 토지·상가는 "장기보유 소득공제"로 나뉩니다. 토지·상가는 보유기간 중심 공제가 유지되고, 다주택자는 2029년부터 2년 이상 거주한 주택에 한해 연 2%(최대 30%)만 받는 방향입니다. 요약하면 오래 들고만 있던 주택일수록 공제가 줄고, 실제로 오래 산 1주택은 공제율이 유지되되 금액 한도가 생깁니다.
2026년 10월 현재 양도하는 주택에는 현행 표(1~5번 섹션)가 그대로 적용되고, 2027년 말까지도 현행이 유지되는 것이 정부안의 내용입니다. 비거주 기간이 긴 주택을 가지고 있다면 국회 논의 결과(보통 12월)를 확인한 뒤 매도 시점을 정하는 것이 좋습니다.
7. 자주 묻는 질문 (FAQ)
Q1. 장기보유특별공제는 신청해야 받나요?
별도 신청서는 없습니다. 양도소득세 예정신고(양도일이 속한 달의 말일부터 2개월 이내) 때 신고서에 보유·거주 기간과 공제율을 기재하면 적용됩니다. 홈택스 신고 화면에서도 1세대1주택 여부와 거주기간을 입력하는 칸이 있습니다.
Q2. 12억 원 이하 1주택도 장기보유특별공제를 계산해야 하나요?
1세대1주택 비과세 요건(2년 보유, 조정대상지역 취득분은 2년 거주 포함)을 채우고 양도가액이 12억 원 이하라면 세금 자체가 없으므로 공제를 계산할 필요가 없습니다. 12억 원을 넘는 경우에만 초과분에 공제를 적용합니다.
Q3. 거주기간은 연속으로 살아야 하나요?
연속일 필요는 없습니다. 보유기간 중 실제 거주한 기간을 합산해 만 연수로 계산합니다. 다만 주민등록상 전입 기록과 실거주가 함께 인정돼야 하므로 입증 자료를 챙겨 두는 것이 좋습니다.
Q4. 공제율 80%를 받으면 양도세가 80% 줄어드나요?
아닙니다. 80%는 양도차익(과세 대상분)에 대한 공제율이고, 세금은 누진세율 구조라서 감소율이 이보다 클 수도 작을 수도 있습니다. 사례 B에서는 과세표준이 38% 구간에서 24% 구간으로 내려가면서 세금이 약 92% 줄었습니다.
8. 공제 후 양도차익으로 양도세 계산기에서 최종 세액 확인하기
양도소득세 계산기는 표준 세율로 단순 계산하는 도구라서 장기보유특별공제를 자동으로 빼 주지는 않습니다. 그래서 순서를 이렇게 잡으면 됩니다. 먼저 2번 표에서 내 보유·거주 연수에 맞는 공제율을 찾아 3번의 1~3단계로 공제 후 양도차익을 구합니다. 그 금액을 계산기의 양도차익 칸에 넣고 보유기간을 2년 이상으로 선택하면, 기본공제 250만 원과 누진세율 구간이 적용된 예상 세액이 바로 나옵니다. 공제율을 바꿔 가며 두세 번 넣어 보면 "1년 더 보유하면 얼마 줄어드는지"도 직접 비교할 수 있습니다.
만 연수가 헷갈린다면 날짜 계산기로 취득일과 예정 양도일 사이 일수를 먼저 확인하세요. 12억 비과세, 다주택 중과까지 포함한 전체 양도세 구조는 부동산 양도세 계산기 가이드에서, 보유하는 동안 매년 내는 세금은 아파트 재산세 계산법에서 이어서 보실 수 있습니다. 실제 신고 전에는 홈택스 모의계산이나 세무사 확인을 거치시기 바랍니다.
